Югио! Тёмная сторона измерений

Действие происходит через полгода после завершения событий оригинального сериала. Главный герой Юги Муто и его друзья учатся в выпускном классе старшей школы и размышляют о выборе будущей профессии. Параллельно Сэто Кайба продолжает попытки вернуть душу Фараона, для чего заново собирает «Головоломку тысячелетия». Однако этому препятствует загадочный человек по имени Аигами.

Помимо этого, Кайба занимается разработкой новой системы виртуальных дуэлей, которая, по его замыслу, должна полностью изменить индустрию игры «Дуэльные монстры». Сюжет строится вокруг этих двух линий: повседневной жизни героев и усилий Кайбы по возвращению Фараона, а также его технологических проектов. Развитие событий определяется взаимодействием этих сюжетных направлений.