Исчезновение Харухи Судзумии

Глава школьного клуба SOS Судзумия Харухи объявляет, что Рождество члены клуба проведут в комнате собраний за праздничным ужином. Начинается подготовка к мероприятию. Через несколько дней по дороге в школу главный герой Кён замечает ряд несоответствий. Разговор с одноклассником Танигути не складывается — тот внезапно заболевает и не помнит их предыдущей беседы. В классе отсутствует Харухи. На её месте сидит Рёко Асакура, которая ранее погибла. Она ведёт себя так, будто ничего не произошло. Микуру Асахина не узнаёт Кёна. Нагато, обычно молчаливая девушка с особыми способностями, оказывается обычной ученицей и единственным членом литературного клуба.

Выясняется, что в этой школе никогда не существовало ни бригады SOS, ни самой Судзумии Харухи. Все события, связанные с клубом и его участниками, исчезли из реальности. Кён сталкивается с ситуацией, где его воспоминания противоречат текущему положению вещей. Ему предстоит разобраться в причинах произошедших изменений и понять, как восстановить прежний порядок вещей. Вопрос заключается в том, кто или что стоит за этим сдвигом реальности и можно ли вернуть всё на свои места.