Бэтмен-ниндзя против Лиги якудза

События разворачиваются после первой части, где Бэтмен и его союзники столкнулись с аниме-версиями классических врагов. Главный герой продолжает борьбу с преступностью в Готэме, но сталкивается с новым противником, который использует технологии и магию. Этот враг обладает способностью манипулировать временем и пространством, что создает угрозу не только для города, но и для всей реальности. Бэтмену предстоит объединиться с другими персонажами, включая Робина и некоторых бывших врагов, чтобы понять природу этой силы.

Сюжет строится вокруг поиска артефакта, который может контролировать временные потоки. Герои отправляются в разные эпохи и локации, включая альтернативные версии Готэма. В процессе они раскрывают, что злодей стремится изменить историю, чтобы устранить Бэтмена и его союзников из существования. Конфликт достигает кульминации в битве, где решается судьба временной линии. Исход зависит от способности персонажей пожертвовать личными интересами ради общего блага.